Katedra Anatomii Patologicznej została utworzona w Warszawie dopiero w czasach Szkoły Głównej, długo bowiem nie uznawano tej dyscypliny nauki za kluczową dla zawodu lekarza. Początkowo kandydatem na kierownika tej jednostki uniwersyteckiej był Teofil Wisłocki, bardzo szybko okazało się jednak, że nie gwarantuje on wymaganego poziomu naukowego. W 1862 r. wykłady z anatomii patologicznej zaczął prowadzić Włodzimierz Brodowski, a dwa lata później objął kierownictwo Katedry i Zakładu Anatomii Patologicznej  Kierował nimi do 1898 r., pełniąc jednocześnie przez kilkanaście lat funkcję dziekana Wydziału Lekarskiego Cesarskiego Uniwersytetu Warszawskiego. Zajęcia odbywały się przez pierwszych kilka dekad w brudnym, zawilgoconym budynku przy pl. Wareckim, obok dawnej siedziby Szpitala Dzieciątka Jezus. Dokładny opis warunków panujących w pomieszczeniach dydaktycznych przedstawił Ludwik Czarkowski: „Prosektorium mieściło się w piętrowej brudnej kamienicy z wejściem od ul. Zgody, mury pociągnięte były zewnątrz jakąś, naturalnie, najtańszą farbą wodną, barwy niebieskawo-szarej, w wielu miejscach odrapanej; okna-zasnute pajęczyną, zakurzone, zabryzgane błotem. Wchodziło się przez pojedyńcze drzwi z wagą do podłużnej sionki, w której na prawo była stancyjka odźwiernego, kacapa, protegowanego przez Czausowa, nieco dalej po lewej stronie drzwi prowadzące do gabinetu anatomji  patologicznej dziekana Brodowskiego, u końca sionki na lewo było wejście na dziedzińczyk, z którego trafiało się do sieni, a z niej na prawo do teatru anatomicznego, na lewo do trupiarni i zarazem salki sekcyjnej, nawprost zaś do gabinetu profesorów, wykładających rozmaite działy anatomji  (Czausow, Przewóski, Brodowski).”

Po Brodowskim Katedrę Anatomii Patologicznej objął jego najlepszy uczeń Edward Przewoski. Za jego kadencji Zakład przeniesiono do nowo otwartego gmachu Anatomicum w sąsiedztwie ulic Oczki i Teodora (dzisiejsza Chałubińskiego).  Nowe miejsce pracy, doskonale wyposażone mogło pochwalić się również bogatym muzeum anatopatologicznym. Po Przewoskim przez kilka lat funkcję kierownika Zakładu i Katedry pełnił jeszcze doc. Józef Pożariski, cieniem jednak na jego działalności kładł się nieprzyjazny stosunek wobec Polaków.

Katedra i Zakład Anatomii Patologicznej odrodzonego Uniwersytetu Warszawskiego została otwarta w 1919 roku. Jej kierownikiem został Józef Hornowski. W ciągu czterech lat kierowania tą jednostką uczelnianą  stworzył on bardzo prężnie działający ośrodek naukowy. Po śmierci Hornowskiego w 1923 roku dzieło jego kontynuował Ludwik Paszkiewicz. Zakład mieścił się nadal w gmachu Anatomicum, przy ul. Chałubińskiego 5. Oprócz Paszkiewicza wykłady prowadzili, między innymi: Wilhelm Czarnocki,  Karol Chodkowski, Janina Dąbrowska, Władysław Melanowski i Zofia Dobijowa. Ważnym elementem działalności dydaktycznej i naukowej Zakładu przez wiele lat były były prace w zakresie badań sekcyjnych i histopatologicznych.

Obecnie spadkobiercą przedwojennej tradycji Katedry i Zakładu Anatomii Patologicznej Uniwersytetu Warszawskiego jest kierowana przez prof. Barbarę Górnicką Katedra i Zakład Patomorfologii mieszczące się na kampusie Banacha przy ul, Pawińskiego.