Urodził się w 1814 roku w Nadarzynie pod Warszawą. Naukę pobierał w elementarnej szkole żydowskiej. Jego ojciec był szojchetem, syn często towarzyszył mu podczas tego obrzędu, stąd wzięło się jego zainteresowanie anatomią. Podjął pracę Paryżu w École Pratique de Médiciné, przygotowując preparaty na potrzeby dydaktyki, które z czasem stanowiły znaczącą część kolekcji uczelnianego muzeum. Jego wyjątkowe zaangażowanie i talent do oddawania najdrobniejszych szczegółów anatomicznych w sposób niezwykle przejrzysty, zaowocowała szybkim awansem naukowym. Dziekan uczelni przyznał mu posadę asystenta i możliwość zapisania się w poczet studentów medycyny.W 1848 roku uzyskał tytuł doktora, wkrótce został członkiem Biologicznego Towarzystwa Polskich Lekarzy we Francji. Cztery lata później opublikował atlas anatomii układu nerwowego z 89 tablicami, Dzieło to zyskało światowy rozgłos, szczegółowe rysunki złożonych struktur układu nerwowego stanowiły część materiału ilustracyjnego wydanego na początku XX wieku podręcznika anatomii opisowej Adama Bochenka, a po liczne z nich sięga się we współczesnych pracach anatomicznych. Wkrótce Hirszfeld został laureatem nagrody przyznawanej przez paryską Akademię Nauk, a kolejne odznaczenia, honorowe członkostwa w zagranicznych towarzystwach naukowych napływały lawinowo. W 1857 roku został profesorem nadzwyczajnym w paryskiej klinice Leona Rostana. W tym czasie prezydent Akademii Medyko-Chirurgicznej, doktor Teodor Cycuryn zaprosił Hirszfelda do Warszawy, by ten, już jako profesor zwyczajny objął katedrę anatomii opisowej w Warszawie Prof. Hirszfeld w latach 1860-1870 wydał pierwszy polski, czterotomowy podręcznik Anatomia opisowa człowieka. Praca na Uniwersytecie Carskim przypadła na schyłkowy okres jego działalności naukowej, od 1871 roku znacznie ograniczył wykłady z powodu pogarszającego się stanu zdrowia. Zmarł w październiku 1876 roku.